亚太经合组织经过多年的发展，形成了领导人非正式会议、部长级会议、高官会议及其下属委员会和工作组、秘书处等工作机制。
APEC分两个层面开展工作：
第一，领导层面。包括领导人非正式会议（每年一次）、部长级会议（每年一次的外交、经贸部长会议和其他定期举行的专业部长会议）、高官会（负责领导人和部长会议的准备、相关决定执行和协调工作）。
第二，工作层面。APEC 另设十个工作小组（ Working Groups ）及三个委员会，负责推动各项功能领域的合作计划与工作。这些工作小组及委员会分别由主要推动成员担任主席及副主席职务。这些几乎涵盖所有非政治领域的工作小组与委员会，是各成员推动和主导APEC议题的主要场所。
1、领导人非正式会议
领导人非正式会议是亚太经合组织最高级别的会议。会议就有关经济问题发表见解，交换看法，会议形成的领导人宣言是指导亚太经合组织各项工作的重要纲领性文件。首次领导人非正式会议于1993年11月在美国西雅图召开，此后每年召开一次，在各成员间轮流举行，由各成员领导人出席（中国台北只能派主管经济事务的代表出席）。
领导人非正式会议还有一个惯例。参加会议的领导人都不着正装，而是由东道主提供当地民族特色服装并着装合影。
2001年10月21日，亚太经合组织第9次领导人非正式会议在中国上海举行。中国国家主席江泽民主持会议并发表题为《加强合作，共同迎接新世纪的新挑战》的重要讲话，全面阐述了中国对当前世界和地区经济形势的看法，以及对推进APEC合作进程的主张。与会领导人以“新世纪、新挑战：参与、合作，促进共同繁荣”为主题，就当前世界经济形势以及“9·11”事件对经济发展带来的影响、人力资源能力建设和亚太经合组织未来发展方向等问题深入交换意见，达成了广泛的共识。会议通过并发表了《领导人宣言：迎接新世纪的新挑战》、《上海共识》和《数字APEC战略》等文件。与会各成员领导人还利用午餐会就反对恐怖主义问题交换了意见，并发表了《亚太经合组织领导人反恐声明》。
2、部长级会议
部长级会议是亚太经合组织决策机制中的一个重要组成部分，在每年领导人非正式会议前举行。会议的主要任务包括：为领导人非正式会议召开进行必要的前期准备；贯彻执行领导人会议通过的各项指示，讨论区域内的重要经济问题，决定亚太经合组织的合作方向和内容。
APEC的部长会议分为APEC部长级会议和APEC专业部长级会议。部长级会议实际是“双部长”会，即由各成员的外交部长（中国香港和中国台北除外）以及外贸部长或经济部长、商业部长等（中国香港和中国台北派代表）出席。首次会议于1989年在澳大利亚堪培拉召开。专业部长级会议，是指讨论中小企业、旅游、环保、教育、科技、通信等问题的部长会议。
3、高官会议
高官会议是亚太经合组织的协调机构，始于1989年，通常由当年举办领导人非正式会议的东道主主办，每年举行３至４次会议。高官会议一般由各成员司局级或大使级官员组成，提出议题，相互交换意见，协调看法，归纳集中，然后提交部长会议讨论。会议的主要任务是执行领导人和部长级会议的决定，审议各工作组和秘书处的活动，筹备部长级会议、领导人非正式会议及其后续行动等事宜。高官会对上向部长级会议负责，对下总体协调APEC各委员会和工作组的工作，是APEC的核心机制。
4、委员会和工作组
（1）贸易投资委员会
工作领域：关税、非关税措施、服务、投资、标准一致化、海关程序、知识产权、竞争政策、政府采购、放宽管制、原产地规则、争端调解、商务人员流动、乌拉圭回合结果执行、信息收集和分析。
下属机构：市场准入组、服务工作组、投资专家组、标准一致化分委会、海关程序分委会、知识产权专家组、政府采购专家组、争端调解专家组、竞争与放宽管制工作组、商务人员流动专家组、乌拉圭回合结果执行和原产地规则工作组。
（2）经济委员会
工作领域：负责研究、分析APEC区域的经济问题及发展趋势，撰写有关专题报告。其固定出版物为《APEC年度经济展望报告》。
（3）经济技术合作分委会
工作职责：协助高官会协调、管理APEC经济技术合作活动，审议各项活动的进展情况，确定有价值的合作倡议；遵循相互尊重、互利互助、协商一致的原则，与APEC各论坛充分协商；为强化、精简APEC工作提供政策管理知识等。
（4）预算和管理委员会
工作职责：就有关APEC预算、行政和管理等问题向APEC高官提出意见。评估APEC预算结构并提出建议，审议项目申请，草拟APEC年度预算报告，审查APEC预算及预算过程有关的所有问题，研究APEC进程中的管理改革问题。
15个专业工作小组分别为：农业技术合作、反贪污和透明化、反恐、应急准备、能源、健康、人力资源开发、非法采伐及相关贸易专家组、海洋与渔业、针对科技和创新的政策伙伴关系、针对妇女与经济的政策伙伴关系、中小企业、电信与信息、旅游、交通。
5、APEC秘书处
APEC秘书处是在1992年曼谷第四次部长级会议时决议产生的，于1992年9月在新加坡设立，负责该组织的日常事务性工作，为APEC各层次的活动提供支持与服务。
秘书处的主要职能：为部长级会议和高管会议准备文件和服务；准备年度预算并向高官会提出使用建议；监测和审查专业工作组的活动并提出协调建议；向报界、商界、学术团体及公众传递信息；高管会议授权交办的其他事务。
秘书处最高职务为执行主任。2009年之前，这一职务任期为一年，由承办部长级会议的东道主担任。自2010年起，这一职务改为固定任期三年，且任何来自APEC 21个成员体的专业候选人均可任职。
秘书处APEC秘书处中，其他人员也多由各成员经济体派遣，费用由各经济体自行负责。
6、妇女领导人会议
妇女领导人会议由亚太地区经济体中商业、政府、学术界和民间、社会等方面的妇女领导人组成，是亚太经合组织框架内形成的妇女论坛，它不设领导机构和常设机构。其目的主要是为亚太地区妇女设立一个进行交流的论坛。它提供、传播、推动并应用与性别相关的知识和信息，重点为各国中、小企业的女企业家开展经贸合作提供机会，并向亚太经合组织提出意见和建议。2000年文莱会议决定成立由７人组成的妇女领导人会议协调组，负责承担宣传联络、监督、咨询等工作。妇女领导人会议每年举行一次，由当年亚太经合组织会议东道国主办，会议议题一般与政府会议主题密切相连。
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