APEC项目共分两大类：自筹资金项目和APEC资助项目。其中，APEC资助项目按照资金来源可分为正常基金（Operational Account， OA）、贸易投资自由化与便利化特别账户（Trade and Investment Liberalization and Facilitation Special Account，TILF）和APEC支持基金（APEC Support Fund， ASF）三类项目；按照执行期限可分为一般项目和多年期两类项目。
正常账户资金主要来源于各成员经济体缴纳的会费。TILF账户资金由各成员经济体自愿出资，2013年之前该账户由日本和美国政府出资，2013年新西兰也为该项目出资，用于资助区域贸易投资自由化和便利化项目。APEC支持基金于2005年创立，作为正常账户和TILF账户的补充，主要用于资助APEC发展中成员体在某些需优先考虑的领域中用于经济技术合作的能力建设项目。APEC支持基金及其附属基金由各成员经济体自愿出资。2011年该基金可用金额约为1200万美元，是3个账户中资金最多的。但其中一些资金属于专项基金，只能用于资助指定的人类安全、禽流感、能效等方面的项目。APEC支持基金又分为通常项目基金（General Fund）和附属基金（Sub Fund），附属基金用于指定的人类安全、健康和能源准备、APEC第二轮贸易便利化行动计划、科技发展、能效、结构改革新战略、供应链连接等方面的项目。
1、项目审批周期、方式和标准
（1）一般一年安排两个项目审批周期，以2014年为例，项目审批具体时间安排如下：
（2）APEC项目的申请、遴选、报送、结果下达全部通过电子邮件方式完成。英文为所有文件的唯一用语。
（3）APEC项目质量审批标准包括：
第一，相关度（relevance），即项目目标与落实APEC领导人和部长指示的关联度，项目是否符合APEC合作的优先领域。
第二，预期效果（effectiveness），即项目结果对落实APEC领导人和部长指示有何帮助，项目的实施是否将采取最佳方法。
第三，效率（efficiency），即项目的投入和产出比是否最优化，项目是否遵循了APEC预算管理的有关原则。
第四，影响力（impact），即项目要带来怎样的变化，对项目受益方产生怎样的影响，项目结果如何对外宣传，项目具有哪些近期和长远意义。
第五，可持续性（sustainability），即项目结束后能否对该领域合作持续产生影响，项目如何与本领域合作重点相契合，是否规划了后续行动。
第六，符合《APEC项目审批政策标准》（Funding Criteria for All APEC-Funded Projects）中的相关规定。审批政策标准在年初发布，其内容根据上一年度APEC领导人会议、部长会议等有关重要会议 精神予以调整。
2、项目的申请、审批和执行程序
所有APEC成员经济体在向相关工作组提出项目申请时须争取两个以上的其他成员经济体作为项目共提方（co-sponsor）。
为简化项目申请程序，从2010年开始，各成员经济体项目申请单位首先只填写一份3页纸的项目概念文件（Concept Note）并将该文件按照项目的领域选择一个工作组提交。如该项目领域符合APEC某委员会工作职能，而该委员会无下设（对应）工作组，可径向该委员会提交项目概念文件。
之后，工作组召集人（Lead Shepherd）或项目主管（Program Director）提请各成员对项目进行审议并填写“排序表”（Originating Form Prioritization of Concept Notes），对全组同期申报的所有项目进行组内优先次序排序，并将结果提交其所属委员会。各委员会（包括SCE、CTI、EC、SFOM）通过公开投票分别对本委员会下属各工作组项目进行统一排序，并将排序结果通知秘书处。APEC秘书处请各成员在保留各委员会原项目次序的前提下对所有项目按不同资金账户进行跨委员会排序。BMC将根据项目排序最终结果和APEC各账户项目资金量优先考虑向排序靠前的项目提供资金，并公布原则上获得通过的项目清单。
项目获得原则通过后，项目申请人可以开始起草完整的项目建议书（Project Proposal Format），并至少争取到两个APEC成员经济体为该项目填写APEC项目申请质量评估表（Quality Assessment Framework， QAF）。申请人还需将收到的多份QAF糅合成一个（combined QAF），附于建议书后，依次向工作组（委员会）、秘书处提交，接受项目质量评估，并根据各方修改意见提高项目质量以期最终达到批准立项的要求。
在评估过程中，秘书处项目管理中心（PMU）的意见十分重要。该中心的专家将按照《APEC项目审批政策标准》和《APEC项目申请指南》（Guide Book on APEC Projects）的有关规定，审核项目申请书，并从相关度、预期效果等5个方面提出具体修改意见反馈项目申请人。申请人应根据PMU意见修改和完善项目设想。这一过程可能多次反复，直至PMU对项目申请满意为止。
BMC公布正式批准的项目，各申请人开始执行项目。执行期间，根据执行周期的长短，项目负责人需完成1-2篇“监督报告”（Monitoring Report），向秘书处阶段性汇报项目的最新进展情况。项目结束后，项目负责人需完成一篇“结题报告”（Completion Report），全面总结项目的执行情况，并规划后续工作。
3、多年期项目的有关特殊规定
自2011年第二项目周期起，APEC开始接受多年期项目申请。到2012年第二项目周期前每期最多批准3个多年期项目。多年期项目的有关规定如下：
项目只能由高官会、委员会或财政高官会提出，最多可获得50万美元的项目资金，逐年发放，最多5年资金全部到位。每个项目至少要有一半以上APEC成员经济体共提；至少有两个APEC委员会或工作组参与；在项目规划和执行过程中，须有ABAC或其他利益有关方参与。申请正常基金和APEC支持基金资助，发达成员配套资金在总预算中的比例要求50%以上，发展中成员要求20%以上；申请贸易投资自由化与便利化基金，发达成员配套资金不得低于50%，发展中成员不得低于30%。多年期项目所需资金的来源比例由提出申请的经济体自行决定。
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